科研管理部，是负责学校科学技术研究管理与服务的职能部门。其主要职责有：本部办公室和嘉定办公室的综合管理,信息化建设和科技统计；相关科研政策的研究和制定；校科学技术协会和校学术委员会的秘书处工作；重大科研项目的谋划培育和组织申报；基础研究、国际合作项目的谋划培育、组织申报及国际合作与交流；科研人才队伍的培养和建设；科研项目的过程管理；科研成果的培育、申报和过程管理,科研成果奖励申报管理；科研基地平台的谋划培育、组织申报和运行管理；科技成果转移转化；同济大学高等研究院。
根据职能要求，科研管理部下设：综合办公室、重大项目办公室、基础研究与国际合作办公室、项目管理中心、成果与奖励办公室、基地办公室、转移转化办公室、嘉定办公室、高等研究院。
科研管理部面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康，以瞄准世界一流为目标，以提升科技创新质量和水平为核心，以体制机制创新为动力，注重规范化管理，加强主动性服务，与全校师生共同努力，加快提升科技创新能力，打造国家战略科技力量。
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